La qualité de l’eau est un critère d’évaluation du bon état des cours d’eau, elle détermine la croissance et la survie des poissons migrateurs et peut être altérée par les pollutions chroniques ou accidentelles et par la dégradation de la morphologie des cours d’eau.
Les eaux côtières sont majoritairement en bon état ou très bon état (72%) en intégrant les nouveaux indicateurs (68% pour l’évaluation de l’état 2011).
Les estuaires sont majoritairement (60%) en bon état écologique. Le Sdage fixe l’échéance de bon état à 2015 pour 77% d’entre eux. A noter que ce résultat n’est encore basé, sur les eaux de transition, que sur une partie des compartiments principaux (marées vertes et phytoplancton et, pour certaines masses d’eau le poisson).
Environ 29% des cours d’eau sont en bon état écologique pour l’évaluation de l’état des eaux 2013, sans évolution significative à l’échelle du bassin, depuis 2007. (Objectif : 61% en 2015)
Dans le bassin Loire-Bretagne, l’avis de l’ANSES de 2010 est prolongé par des arrêtés préfectoraux en aval de la Loire, sur l’Indre et la Vienne.